В 2007 году на основании распоряжения Правительства Российской Федерации от 24 марта 2007 г. № 345-р и на основании приказа генерального прокурора Российской Федерации от 6 апреля 2007 г. № 44-ш путём реорганизации в форме слияния государственных образовательных учреждений «Институт повышения квалификации руководящих кадров Генеральной прокуратуры Российской Федерации», «Иркутский институт повышения квалификации прокурорских работников Генеральной прокуратуры Российской Федерации», «Санкт-Петербургский юридический институт Генеральной прокуратуры Российской Федерации» и государственного научного учреждения «Научно-исследовательский институт проблем укрепления законности и правопорядка при Генеральной прокуратуре Российской Федерации» создана Академия Генеральной прокуратуры Российской Федерации.

В соответствии с приказом Генерального прокурора Российской Федерации от 16.03.2018 № 146 «О внесении изменений в приказ Генерального прокурора Российской Федерации от 06.03.2018 № 123 «О переименовании федерального государственного казенного образовательного учреждения высшего образования «Академия Генеральной прокуратуры Российской Федерации» и филиалов в федеральное государственное казенное образовательное учреждение высшего образования «Университет Генеральной прокуратуры Российской Федерации» Академия Генеральной прокуратуры Российской Федерации переименована в Университет прокуратуры Российской Федерации.