В 1995 году академии возвращено историческое наименование — Михайловская артиллерийская академия.

В сентябре 1998 года постановлением Правительства РФ академия реорганизована в Военный артиллерийский университет. Этим же постановлением Казанское высшее артиллерийское командно-инженерное училище, Михайловское высшее артиллерийское командно-инженерное училище (Коломна) и Саратовское высшее военное командно-инженерное училище ракетных войск присоединены к Военному артиллерийскому университету в качестве его филиалов.

В 2004 году Военный артиллерийский университет преобразован в Михайловскую военную артиллерийскую академию.

Более чем, за 190 лет существования из стен Михайловской военной артиллерийской академии вышли 257 Георгиевских кавалеров, 93 Героя Советского Союза, в том числе двое награждены дважды, 5 Героев Российской Федерации.

По итогам 2015 года академия является лидером среди высших военно-учебных заведений России.

Академия подчинена Главнокомандующему Сухопутными войсками Российской Федерации.